Ein Problem wird es erst, wenn es beim Schub geben so stark wackelt, dass du das Schiff nicht mehr kontrollieren kannst.
Evtl noch sas am shuftle ausmachen!
Und ggf. langsam beschleunigen. Mir ist einmal meine Triebwerkssektion am Ende durch das komplette Raumschiff gerauscht weil MechJab sofort auf 100 % geht 
Wird dir nicht passieren, aber dein Shuttle wird dann abreißen
Ich kann dir noch den Tipp geben nicht ein zu krasses Aerobraking zu machen, besser vorher Quicksave machen.
Mir ist auch ohne Mod für einen tötlichen wiedereintritt mehr als einmal ein Großes Schiff kaputt gegangen (Unkontrollierbares Trudeln und wurde zerrissen).
Und ggf. langsam beschleunigen. Mir ist einmal meine Triebwerkssektion am Ende durch das komplette Raumschiff gerauscht weil MechJab sofort auf 100 % geht
Is mir auch schon ein paar mal passiert. Aber bei MechJeb gibts auch ne Option Smooth Throttle wo der dann nicht sofort auf 100 springt.
Vielleicht wäre es auch besser wenn du dein shuttle vorne oder hinten an die rakete baust also nicht seitlicj!