Ich bezweifle dass KSP das von selbst ändert. KSP setzt das Rootpart beim setzen des ersten Parts fest und ändert dies nicht eigenständig. Jedenfalls hab ich so einen Bug weder je selbst gesehen noch davon gehört. Ich vermute eher dass du auf den Button kommst mit welchem man das Rootpart selbst ändern kann.
Also wenn sich das Rootpart verändert hat dann kannst du dieses auch jederzeit wieder in irgendein x-beliebiges Teil ändern. Dafür ist der Button da. Und sollte sich die Rakete beim Ändern drehen dann ist das ja auch kein Problem: Einfach das Rootpart markieren und dann die ganze Rakete wieder in die richtige Richtung drehen, fertig.
jetzt kann ich endlich begeistert weitermachen. 
danke...