Hmm vermutlich hat das verlegen das KSP Ordners Probleme gemacht, da ich leider noch den Absoluten Pfad zu installierten ModParts speichere. Das werde ich aber mit der neuen Version von KSP ändern und nur relative Pfade speichern.
Ein Workaround wäre, die Pfade in der KSPModAdmin.cfg (im KSP Install Ordner) manuell an den neuen Pfad anzupassen.