Ich ziehe mir die neue Version immer von der Website und installiere sie in einen neuen Ordner. So auch 1.03 & .04. Als einzigen Mod benutze ich die Kerbal-Alarm-Clock und habe den Save-Ordner von Version 1.0 rüber kopiert. Ich kann alte Raketen verändern und neue bauen, ohne das es zu Fehlern kommt. Bei mir funktioniert alles einwandfrei.
Sorry das ich dir nicht helfen kann.