Zu 1: Da wirds wohl keine Lösung geben. Aus einfachem Grund: Sobald du zwei Schiffe aneinander dockst wird aus zwei Schiffen eines. KSP erkennt dann nicht mehr wie viele Schiffe du da gedockt hast. Bei einer modularen Raumstation wären es ja streng genommen dutzende Teile denn jedes angedockte Modul ist ja eigentlich ein eigenes Schiff.
Das wäre aber wohl zu aufwendig zu berechnen. Also wird das als ein einziges Shciff angesehen. Folglich wird auch das Staging durcheinander gewürfelt.
Zu 2: Seit einigen Versionen bietet KSP die Autostruts an. Das sind quasi unsichtbare Strut Connectors, die das Schiff stabiler machen aber gleichzeitig hat man nciht mehr hunderte dieser häßlichen Struts verbaut.
Das sollte dem wobbeln ein Ende setzen oder es zumindest reduzieren.
Alternativ kann man den Mod Kerbal Joint Reinforcement installieren. Da wobbelt dann garantiert nichts mehr.