Ich habe es mit meheren Mods von SpaceDock probiert, z.B. Scatterer, Chatterer, Far, aber auch mit Github. Manuell hinzufügen geht.
KSPMA läd die Mods ja tatsächlich in den Download Ordner herrunter, von dort kann ich sie dann auch direkt als File hinzufügen. Das heißt beides als standalone bekommt KSPMA hin, nur nach dem DL die herruntergeladene Datei hinzuzufgen klappt nicht. Ich hätte ja irgendwo auf Zugriffsrechte oder so getippt, aber da alles immmernoch wie vor einem Jahr alles unter c:\Games liegt und es damals ging, ist es unwarscheinlich.
Ich habe trotzdem alle Ordner gelöscht, neu erstellt und Administratoren und Benutzern mindestens Ändern Rechte gegeben, Administratoren sogar Vollzugriff. KSPMA wird auch als Admin ausgeführt.
Konfig dateien und KSPMA Ordner wurden auch schon mal komplett gelöscht und neu erstellt.
Hab auch KSP wie auch KSPMA mal auf die D Platte kopiert und dort getestet.
Ich vermute keinen grundlegenden Fehler in KSPMA, sondern eher irgend einen Konflikt mit irgendwelchen Einstellungen auf meinem PC, mir wäre aber nicht bewust das ich seit der letzten funktionierenden Version etwas geändert hätte, außer KSP 
Kan man irgendwo vielleicht ein höheres Log-Level einstellen, damit mehr Ereignisse im Log von KSPMA protokolliert werden?
Hast du irgendwo noch eine 'alte' Version, mit der wir vielleicht mal testen können? (im moment ist nämlich nicht klar, liegt es an der aktuellen KSPMA Version oder ging es mit der alten vielleicht zwischenzeitlich auch nicht mehr)
Theoretisch könnt ich auch noch Visual Studio installieren und versuchen die Sourcedaten dort zu laden und mal als Debug starten, dazu müsst ich aber erst VS auf meinem Spielerechner installieren und das will ich eigendlich nicht. Ob ich dann fähig bin das Projekt anständig mit allen Abhänigkeiten in VS zu laden weiß ich auch nicht, da stell ich mich immer etwas doof an 